Modul 1: Apresiasi Ketamadunan Islam & Kenegaraan
Modul 2: Integrasi Minda Quranik & Saintifik
Modul 3: Pengembangan Daya Fikir & Intelektual
Modul 4: Pemantapan Jati Diri Psikospiritual
Modul 5: Komunikasi & Dominasi Bahasa
Modul 6: Kecergasan Fizikal & Pemakanan Rasulullah (Saw)
Modul 7: Penerokaan Sains & Matematik
Modul 8: Aplikasi Teknologi & Kejuruteraan
Modul 9: Keusahawanan
Modul 10: Eksplorasi Diri
Pada akhir program ini, seorang sahaja pelajar akan dipilih dan mendapat biasiswa penuh pengajian ke luar negara daripada peringkat ijazah, sehingga ke peringkat PhD dan akan ditempatkan di PSKT sebagai Saintis Islam.
Untuk makluman, pelajar yang telah terpilih sebelum ini adalah seorang setiap tahun. Pelajar yang terpilih sebelum ini bagi Program Saintis Islam KOHORT 1 2015 ialah Muhammad Nur Irfan Bin Mohd Zameri. Kini sedang melanjutkan pelajaran Semester 4, peringkat A Level di Kolej Yayasan UEM (KYUEM) – (Malaysia’s Premier A Level College) , Lembah Beringin dan pada Bulan September ini akan melanjutkan pengajian ke luar negara.
Manakala pelajar yang terpilih untuk Program Saintis Islam KOHORT II 2016 ialah Muhammad Lutfil Hady Bin Zainol Hady kini sedang melanjutkan pelajaran Semester 2, peringkat A Level di di tempat yang sama iaitu di KYUEM, Lembah Beringin.